SMK Agama Limauan adalah merupakan salah sebuah institusi  pendidikan /sekolah daripada 6 buah SMK Agama yang terdapat di Sabah dan daripada 54 buah yang terdapat di Malaysia. Ianya ditubuhkan pada 20hb Jun 1977M bersamaan 03hb Rejab 1337H oleh Kementerian Pendidikan Malaysia melalui Bahagian Pendidikan Islam (sekarang di kenali sebagai Jabatan Pendidikan Islam Dan Moral).

      Pada peringkat awal penubuhannya sekolah ini dikenali dengan nama SMK Agama Sabah dan menumpang di bangunan SMK Mengatal hinggalah akhir penggal pertama tahun 1980 .Pada 28hb April 1980 SMK Agama Limauan telah berpindah ke bangunan baru iaitu bekas bangunan UKM, Sabah yang terletak di kilometer 24 jalan Papar lama .

      Apabila berpindah ke tapak baru, nama SMK Agama Sabah di tukarkan kepada SMK Agama Limauan, Sabah, sempena mengambil nama kampung Limauan-limauan, Kudat, Sabah iaitu tempat kelahiran Ketua Menteri Sabah pertama, Tun Datu Mustapa .

      SMK Agama Sabah semenjak bertapak di limauan, Kinarut lebih kurang 20 tahun yang lampau telah banyak menempa sejarah terutama dalam bidang kurikulum. Sekolah ini telah melahirkan beberapa generasi yang berkebolehan didalam berbagai bidang khususnya bidang agama. Sekolah ini juga adalah salah sebuah sekolah yang terbaik dalam senarai di Jabatan Pendidikan Sabah dan di Kementerian Pendidikan Malaysia dalam pencapaian peperiksaan samada PMR / SPM pada tiap-tiap tahun.

      Oleh sebab itulah pihak pengurusan dan pentadbiran sekolah telah memikirkan pelbagai langkah, cara dan kaedah untuk mengekal dan mempertingkatkan lagi prestasi kecemerlangannya samada dalam kurikulum, kokurikulum dan sahsiah. Bagi melahirkan pelajar-pelajar yang cemerlang dan berdaya saing, maka satu rangka kerja yang terancang perlu disediakan sebagai panduan kepada guru-guru, KTBM, pelajar-pelajar dan ibubapa.

      Program Kecemerlangan Akademik SMK Agama Limauan merupakan kesinambungan dari usaha pihak pengurusan dan pentadbiran sekolah untuk mempertingkatkan pencapaian para pelajar dalam peperiksaan awam dan sekolah setiap tahun dan bagi menyahut saranan pihak Jabatan Pendidikan Sabah yang melancarkan Beyond Excellance untuk lima tahun (2000 -2005) .